檢體採樣完成後,除須脫鈣的檢體另行處理外,目前國內的臨床病理單位或大型研究機構,都是將檢體放入組織處理機中進行組織處理的步驟,經由加溫及加壓的方式讓以往需2~3天的處理流程在一個晚上的時間內就能完成,這流程包括有:福馬林-固定、漸升系酒精-脫水、二甲苯-澄清、石蠟-浸潤。
 
以Leica 的密閉式組織脫水機ASP300 S設定條件為例,我們建議的流程與條件如下:
1. Formalin 40°C (2hr)

2. 70% Alcohol 40°C (1hr)

3. 80% Alcohol 40°C (1hr)

4. 95% Alcohol 40°C (1hr)

5. 100% Alcohol 40°C (1hr)

6. 100% Alcohol 40°C (1hr)

7. 100% Alcohol 40°C (1hr)

8. Xylene 40°C (1hr)

9. Xylene 40°C (1hr)

10. Xylene 40°C (1hr)

11. Paraffin 60°C (1hr)

12. Paraffin 60°C (1hr)
以上共需約13小時的時間,但可以依據檢體量的多寡、試劑的良劣、機器的功能而調整。

如果實驗室沒有組織處理機,要以手動的方式自行做好組織處理,在室溫下進行建議檢體應有充足的福馬林固定時間,並比照上面步驟但用兩倍的時間來處理,尤其第7步的100% Alcohol建議要Overnight,組織脫水的效果才能完整;力沛在這方面有豐富的經驗,我們幫許多實驗室建置完整的組織處理架構與設備,讓實驗室用最省錢的方式完成品質完善的組織處理。